大型采矿船在资源采集过程中会产生一定量的废弃物，这些废弃物若处理不当可能影响舰队运行效率甚至引发环境debuff。废弃物主要分为金属残渣、废弃燃料结晶和工程废料三类，需通过舰船内置回收模块或外部空间站设施进行分类处理。优先升级采矿船的废弃物压缩技术可减少存储空间占用，同时建议在舰队编组时配备至少一艘带有废弃物处理功能的辅助舰船，以实时处理采矿过程中产生的副产品。
金属残渣可通过熔炼设备转化为低级合金，但需注意熔炼过程会消耗少量能量配额。废弃燃料结晶具有较高危险性，必须通过专门的稳定化处理装置转化为安全形态后才能存储或运输，未处理的燃料结晶可能引发连锁反应导致舰船护盾失效。工程废料通常包含可重复使用的电子元件，拆解后获得的材料可用于维修其他舰船设备，但拆解成功率与工程舰等级直接相关。
空间站废弃物处理中心是高效解决大规模废弃物的关键设施，其核心功能包括高温分解、磁筛选和化学中和。建造该设施需提前规划基地布局，确保与采矿船停泊区保持合理距离以缩短运输时间。处理中心升级优先级建议为：扩容仓库＞提升处理速度＞降低能耗，同时需定期维护避免设备老化导致的效率下降。
长期采矿作业中建议建立废弃物循环利用体系，将处理后的金属粉末用于护卫舰制造，净化后的燃料可用于工程舰辅助动力。注意不同星系的引力环境会影响废弃物处理效率，在强引力场区域需额外配备重力稳定器。废弃物的资源化转化率与采矿船技术等级呈正相关，但达到一定阈值后提升效果会显著衰减。
最终处理方案需结合当前舰队规模和资源储备动态调整，当废弃物积压超过安全线时，可启动应急协议将其投放至恒星焚烧或小行星带掩埋。这种处理方式会损失全部可回收资源，但能快速解除舰队超载状态。建议仅在遭遇突发战斗或需要紧急转移时采用该方案。
