存档操作主要通过游戏内的驿馆或特定存档点完成。进入城镇后寻找标有驿字的建筑，与掌柜对话选择住宿功能，系统会弹出存档界面，玩家需选择空位或覆盖原有存档。部分改版作品如青莲版提供了更灵活的随时存档功能，需在游戏设置菜单中找到存档管理选项，新建或加载存档时需手动输入名称确认。存档文件通常包含角色等级、装备、剧情进度等关键数据，但某些特殊任务物品不建议通过修改器添加，避免引发剧情错误。
游戏进程中存在多个关键节点需要特别注意存档操作。例如赤壁之战前必须确保队伍阵容符合剧情要求，否则可能导致人物消失或进度卡死。北伐魏国时若在南安城与特定NPC对话会触发剧情分支，建议提前保留多个存档位。部分隐藏物品如五丈原的落雷斧和长安的伏龙盾获取后也应及时存档，这些终极装备在后期战斗中具有战略价值。对于训练所等级提升等消耗资源的操作，建议存档后尝试以避免资源浪费。
虽然存在存档修改器可调整物品数量，但装备前缀和贵重品如陨铁无法直接修改，强行添加可能导致数据异常。通过寄存所填满64个道具的秘籍存在风险，可能引发角色属性异常。PC重制版玩家可通过网盘获取合规存档文件，替换文档目录下同名文件实现进度共享，但需注意存档版本与游戏版本的兼容性。
原版FC游戏依赖电池记忆功能，模拟器玩家需妥善保存.sav格式文件。手机版通过云端同步或本地文件管理实现存档转移，iOS用户需借助iTunes文件共享功能。青莲1+1改版采用双档案系统，读档时需选择数字标识的存档位。对于猛将传等改版作品，特定剧情后需避免与关键NPC对话，否则会强制跳转剧情线且无法返回。
存档策略直接影响游戏体验的通畅性。建议在进入新章节前建立独立存档，重要武将离队或加入时保留备份。使用诸葛亮出战触发特殊剧情时，需确保其位于队伍前五名且非军师位置。训练所升级前后建议分别存档，便于比较属性提升效果。对于需要反复尝试的战斗节点如巴城35级训练，合理存档能显著降低游戏难度。
存档异常问题的处理需要遵循特定流程。当出现无法读取存档的情况，首先检查文件是否完整，重制版玩家可尝试验证游戏完整性。遇到剧情卡顿时，需回溯至触发前的存档点重新尝试。模拟器用户应注意存档状态与游戏进程的同步，异常退出可能导致存档损坏。多数情况下，保持存档习惯和多个存档位的轮换使用是最有效的风险规避方式。
