最强组合的搭配往往能决定战斗的胜负。鸣人+佐助+卡卡西、鸣人+佐助+水门、鸣人+佐助+小李这三组开荒组合被公认为游戏初期的顶级配置。鸣人作为核心输出，佐助提供火力支援，卡卡西或水门负责防御，形成攻守兼备的阵容。这种搭配充分发挥了每个角色的优势，尤其在游戏初期能快速提升实力，为后续发展奠定基础。合理分配技能和注意角色协同是发挥组合最大战力的关键。
威装须佐能乎是宇智波斑与九尾的组合形态，通过为九尾披上须佐能乎盔甲极大增强了防御和破坏力。这种组合能抵消真数千手的攻击，甚至对抗十尾人柱力带土和六道级对手。六道·地爆天星则是鸣人与佐助联手施展的终极封印术，融合阴阳遁之力成功封印大筒木辉夜。这两种组合忍术代表了火影世界巅峰的破坏力和战术价值，其威力远超普通忍术叠加效果。
晓组织作为游戏中最强反派团体，成员如宇智波鼬、干柿鬼鲛、佩恩等都拥有特殊能力。鼬的幻术与鬼鲛的水遁形成完美互补，佩恩的轮回眼能力更是战略级存在。这些角色组合时会产生1+1>2的效果，尤其在收集尾兽的任务中展现惊人实力。虽然组织内部存在性格差异，但正是这种多样性使得他们在不同战斗场景都能保持极高威胁性。
AB组合（四代雷影与奇拉比）和木叶三忍（自来也、纲手、大蛇丸）代表传统忍者组合的极致。雷影与八尾人柱力的绝牛雷犂热刀拥有瞬间斩杀敌人的爆发力，而三忍各自的特长——仙术、医疗和禁术——在团队作战中能应对任何战况。这些组合不仅实力强劲，更体现了忍者世界最珍贵的羁绊价值，其战斗表现往往能突破理论上的实力上限。
玩家需要根据对手特性灵活切换阵容，例如面对高防御敌人时增加破防型角色，对抗速攻流则需强化控制能力。真正的顶级组合应当兼具爆发输出、持续作战和应变能力三大要素，这也是火影忍者手游战斗系统的深度所在。
