指挥部是城市的核心建筑，位于玩家主城的中心区域。它的具体坐标会随玩家初始出生点或占领的城市位置而变化，但始终固定在该城市的建筑群中央。指挥部等级决定其他建筑解锁上限，升级需消耗钢铁、石油等资源，初期应优先提升其等级至5级以解锁关键功能。该建筑外观呈现为带有军事沙盘的灰色立方体结构，顶部插有所属势力旗帜，地图上以金色五角星图标标注。
指挥部的主要功能包括统御全局生产、解锁科技树及调配军官。通过指挥部界面可查看当前城市所有建筑的运作状态，并直接下达升级指令。科技中心与指挥部绑定，需达到特定指挥部等级才能研究步兵强化、装甲改良等军事科技。军官系统的启用需指挥部3级，玩家可在此部署已获得的军官为部队提供属性加成。指挥部每提升1级，城市人口上限增加500，同时解锁1个新的建筑队列。
炮塔应围绕指挥部半径2格内建造，形成交叉火力网覆盖主要路径。陆军基地建议设置在指挥部左侧或右侧1-2格距离，便于快速响应防御指令。商业区与补给品厂最好位于指挥部后方，通过道路连接确保资源输送效率。这种布局能有效抵御敌方轻型坦克的突袭和空降部队的骚扰。
当指挥部被敌军攻陷时，城市将进入24小时占领状态。在此期间原主人可通过反攻夺回控制权，否则城市所有权将永久转移。保护指挥部需保持至少2支满编防御部队驻守，并定期维修受损炮塔。高级指挥部（10级以上）可激活城市护盾功能，消耗钻石生成持续8小时的防护罩，但期间无法主动攻击其他玩家。
指挥部的位置信息可通过长按建筑查看详细坐标，世界地图上会显示经纬度数值。跨城市作战时，优先侦察目标指挥部等级及周边防御力量。军团城市的指挥部由全体成员共享资源，其军备生产线能产出鼠式坦克等特殊单位。指挥部等级差距超过3级时，低级方发动的攻城战将承受15%的全属性惩罚。
