种子是花园系统的核心玩法之一，分为兵器类、原料类、天赋类和宝宝类四大类别，共计26种。这些种子通过种植成熟后可为玩家提供武器、材料、天赋增益或战斗伙伴，直接影响地牢探索的难度与策略。种子获取途径包括击败BOSS、关卡掉落、商店购买或任务奖励，成熟周期从1天到7天不等，部分可循环收获，而一次性作物需重新种植。合理规划种子搭配能显著提升角色战斗力或资源积累效率。
兵器类种子如大葱、萝卜、藤蔓和竹子，成熟后可转化为近战或远程武器，但整体实用性较低，主要用于喂养花园熊猫或临时武器补充。大葱和萝卜为一次性作物，成熟期1天，前者攻击附带移速加成，后者暴击可触发中毒效果；竹子是少数可循环种植的武器种子，但伤害表现平庸。这类种子在游戏前期可作为过渡装备，后期则因强度不足逐渐被淘汰。
原料类种子包括宝石花、齿轮花、铁树等，提供锻造武器或解锁角色所需的资源。宝石花成熟后一次性产出288宝石，是前期快速积累货币的选择；齿轮花和铁树分别掉落3个零件与铁矿，用于机器人解锁或武器合成；晶石树作为循环作物，每日稳定产出222宝石，但需4天成熟且售价昂贵。奇异花能随机产出魔法碎片，但收益不稳定。这类种子适合资源紧缺时针对性种植，尤其是需要大量材料的装备合成阶段。
天赋类种子对角色强化最为关键，如火龙果树提供免疫火焰伤害的火盾，曼德拉草赋予毒盾效果，冬虫夏草增加4点生命上限。七色堇能扩展天赋栏位，若全部种植可额外获得6个天赋槽。仙人掌、魔力花等循环作物可持续提供陷阱免疫或击杀回蓝效果。妙妙花作为随机天赋来源，适合填补天赋空缺。这类种子需优先种植，尤其是永久性天赋作物，能显著降低地牢挑战难度。
宝宝类种子仅含食人花和曼陀罗花，后者需7天成熟但可循环召唤曼陀罗宝宝协助战斗，其毒弹攻击受散弹加成，是强力战斗伙伴。南瓜种子作为特殊活动产物，每日可采摘一次随机物品，类似扭蛋机机制。种子种植需每日浇水，肥料可加速生长，铲子则用于移除误种作物。根据当前版本，推荐优先培养火龙果树、魔力花等天赋种子，再按需求搭配资源类或宝宝类种子以优化游戏体验。
